在 Linux 系统中，R 启动时默认加载 ~/.Rprofile 文件，这就为自定义多种 R 选项提供了方便。

我的 ~/.Rprofile 文件内容：

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# 设置启动时工作目录
setwd("/home/adam/Bioinformatics")

# 设置一些选项
options("pdfviewer"="evince")
options(prompt="R>", digits=4, show.signif.stars=TRUE)
options(menu.graphics=FALSE)
options(stringsAsFactors = FALSE)

# 设置默认镜像源，设置多个 CRAN 是因为镜像源偶尔会炸掉，以防万一
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(repos=c("http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/","https://mirrors.aliyun.com/CRAN/","http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

# 有用的小功能
cd <- setwd
pwd <- getwd
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

# 经常需要的包
library("colorout")

# 加载完成后打印信息提示
message("###### SUCCESSFULLY LOADED. LET'S DO THIS! ######")