之前提过，其实用 Hugo 搭建和维护博客相对来说非常省事，但是缺点也很明显。Hugo 本身版本更新迭代速度很快，经常碰到的就是升级后有一些功能不再支持，可能是被移除，或者工作方式改变。另外就是 Hugo 没有内置主题，所以必须引入第三方主题。这时候也就出现连带问题，第三方主题必须同步 Hugo 的工作方式，不然也有可能失效。

这半年处理过几次 bulk RNA-seq 和 ChIP-seq 数据，经常需要进一步处理比对（align）完 fastq 文件之后得到的 sam 转换成排序的 bam 文件充分节省存储空间。我把经常用到的一些 samtools 命令放到记事本里，这里简单记录一下方便以后查阅。

当然知道 Linux 平台最流行的容器可能是 Docker，奈何实验室服务器只有 Singularity/Apptainer。不过好在后者完全可以兼容 Docker 镜像，甚至从 dockerhub 直接 pull 都可以，也凑合能用了。 只是 Singularity 不能直接使用 Docker 的 recipe，二者语法不同。

以前都是使用 VirtualBox 安装和管理虚拟机，知道有 qemu 但是一直没有试用。这次正好发现一个新的 init 叫 dinit，开发者的系列博客非常值得一看。以前我也知道还有 runit 并且在 Devuan GNU/Linux 试验过。由于 Devuan 本身就是非 systemd 系统，所以切换到另一个 init 并不需要卸载 systemd 这种危险操作。

互联网/万维网之外？

从来好像互联网和万维网（World Wide Web，3W，WWW）好像就是同义词，“自古以来”网上冲浪的网就是 WWW。直到我发现还有一个东西叫 Gopher，以及稍微更现代版的 Gemini。这二者都是网络协议，简单地说就是它们和 WWW 一样，是一种实现网络间通信信息展示的方案。类比就好像，同样是从中国上海到美国纽约，我们第一个想到的肯定是坐飞机（就好像说上网我们想到的就是 WWW），但是其实还有一种途径是从海上坐轮船过去（🎵 Once more, you open the door…），而 Gopher 这个单词的原意是“地鼠”那可能就是打地道过去吧 :D

一些平时看到的有趣的博文、笔记和一些值得一看长系列文章。话题大多数都与开源、编程和 LInux/Unix 相关。与此类似的还有一篇与自然科学，主要是生物科学、医学相关的内容，有时间我也会整理出来。

也是一篇 long overdue，拖到跨年了。本来是打算在给老笔记本装系统的时候顺手把一些东西记下来做备忘，最后发现看到的有意思的东西越来越多，反倒是前面的系统安装是最无聊的一部分了。

Debian 的 Postgres 早就升级到 13 了，但是由于我太懒就一直没有升级数据库，这次要往数据库放新数据了，就想趁这个机会刚好把数据都迁移到 13 吧。以前看过类似资料，postgres 本身提供了升级工具，所以我想找个靠铺点的教程一步步照着来应该问题不大。

无意中听说狗不能吃葡萄会中毒，当即查了一下还真是。查了几篇靠谱的文献看了下。 TL, DR：有毒，可能致死，原因不知道。消化道症状、嗜睡和神经系统表现很常见。

个人笔记向，几乎全篇复制粘贴，涉及用脑部分少于 10%。

这一篇算是复习了，日渐觉得对于 Logsitic 回归了解得有点飘。这一篇就是找几个比较基础的东西看一下然后把 Logistic 回归从前到后过一遍。涉及到模型构建、模型拟合优度（Goodness of fit）、区分度（Discrimination）和校准度（Calibration）评价。

VPS 上的梯子有时不太稳定，前两天登录上去看的时候偶然发现日志里有一些陌生的 IP 地址通过 SSH 登录失败的记录。出于好奇就仔细看了什么情况，这一看吓坏了。

微软似乎放弃 Microsoft R Open 这个项目了，那么以前写的 Microsoft R Open 的安装和配置 也就成了过去式了。我一直是同时用两个版本 R 的，在 Windows 上这个实现起来很简单，因为 Windows 上多个版本 R 本来就是可以共存的。但是在 Linux，至少是 Debian 上，这个就没那么简单了。以前 MRO 和 vanilla R 共存也算很优雅地解决了这个问题。现在要想多个版本就只能自己编译一个 R 了。

这个是上次学 layout() 组合图形时就说以后再学的东西。

split.screen() 是由 base R 的 graphics 包提供的。这个系列还包括 screen()、erase.screen() 和 close.screen() 这些命令配合使用。这些命令能够在一个图形设备上创建和控制多个图形区（screen，不知道翻译成什么比较合适）。和前面的 layout() 类似，split.screen() 命令与其他的分割方法（par(mfrow), par(mfcol) 和 layout()）也是不兼容的。

这个内容是看完 MSG 之后的补课。 图形组合其实以往用过很多种了，base R 里的 par(mfrow = c(), mfcol = c())， ggplot2 里的 facet_grid() 和 facet_wrap() ，还有非常好用的 cowplot 的 plot_gri