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接触 MIMIC 数据库一小阵，勉强一边 Google 一边看 mimic-code 提供的脚本搞定了本地数据库并且把所有提供的 concepts 都建立好了。 过程中 R 配合 RPostgreSQL 来连接和操作数据已经相对很容易了

申请的 MIMIC III 数据库 今天终于通过了，下载发现一堆 csv.gz 大小也是惊人。所以自己一一个直接用表格数据导入 R 怕是不可能了，只能去用他们推荐的数据库管理了。

最近处理数据经常需要取某个字符串一部分用来重命名结果生成的新文件的情况，比如 sample1.fastq.gz 比对到基因组想要取出其中的 sample1 用来命名生成的 sam 文件，或者想看跑的

0. 前言 通过上次那个 Rtudio 输入法的事情 (解决 Debian 中 Mendeley Desktop 和 RStudio 无法使用 fcitx 输入中文的问题) ，我又觉得编译啊共享库啊什么的很有趣，然后我懂的太少。所以补课看

今天看 Hadley Wickham 大大的 《R for Data Science》 的时候无意踩坑了，记录一下。 看到章节 4. Workflow: basics 的 4.4 节做练习的时候，本来这一章十分简单，5 分钟看完的，练习

0. 写在前面 如果你找到这篇博客是也正在尝试解决 Linux(Debiain) 下 RStudio 和 Mendeley Desktop 里使用 fcitx 输入法输入中文的问题，请先看看我的 Github 仓库 是否已经上传了你所需要的版本，或者另

R 有时候计算或者任务会比较慢，比如很多基因一起做 GO enrichment、下载在线数据集、模拟缺失数据等等，这时候我经常喜欢去干点别的，比如去

sed 、awk 和 grep 都是 Linux 系统下的非交互式的文本处理工具。 sed 的基本处理单位为记录 (record)，简单理解的话就是文件的行；而 awk 的基本处理单位为域

这篇博文的内容来自已经不存在的 LinuxSir.org 社区（RIP，现在的 LinuxSir 论坛虽然还存在，但是已经不是原来的样子和原来的人，所以我也就不放网址了）的 LFS 板块。当时

我在 Debian 中用 Zotero 管理文献时发现 PDF 导入后获取文件信息获取不到。以下时解决过程记录，主要参考 Configuring Zotero PDF full text indexing in Debian Jessie。 安装 pdftotext 和 pdfinfo: 1 sudo apt-get install poppler-utils 查看内

Conda 的话对于需要 Python 环境但是又没有系统权限，或者想要一个和多个相互隔离的 Python 环境的情况是很好的解决办法。而且使用起来够傻瓜。最受欢迎的应该是 Ana

在 Linux 系统中，R 启动时默认加载 ~/.Rprofile 文件，这就为自定义多种 R 选项提供了方便。 我的 ~/.Rprofile 文件内容： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 # 设置